Das Firmenarchiv der Rathaus Apotheke dokumentiert die weit zurückreichende Geschichte nur fragmentarisch. Der zeitliche Schwerpunkt liegt auf dem 20. Jahrhundert, aus dem 19. Jahrhundert ist nur wenig, aus der Zeit davor kaum etwas überliefert. Im Firmenarchiv vorhanden sind für die Periode von 1897 bis 1999 unter anderem die Rezeptbücher. In diese wurde eingeschrieben, wer wann welche rezeptpflichtigen Medikamente gekauft hatte. Ergänzt wird diese Dokumentation durch die Verkaufsjournale, welche die Ein- und Verkäufe allgemein festhalten. Zu erwähnen gilt es ausserdem die Rezeptarien, die jedoch nicht alle aus der Rathaus-Apotheke selbst stammen sowie die Etiketten und die Pillendöslein.

Der Bestand umfasst Buchhaltungsunterlagen, Rezepturen, Rezepte sowie Unterlagen zur Geschichte und zum Betrieb der Apotheke.